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内阁和刑部还是领受了命令，开始进行大明律的增编和细定。

《大明律》共分30卷，由明太祖朱元璋总结历代法律施行的经验和教训而成，篇目有名例一卷，包括五刑、十恶、八议以及吏律二卷、户律七卷、礼律二卷、兵律五卷、刑律十一卷、工律二卷。

照隆武帝的意思，将增加《商律》，在保护商人的权益之外，亦提出“专利保护”。

《吏律》新增，行政官员不得干预司法，违者重处。

《刑律》新增上诉制度，认为县法官不公，原被告都可告到上一级州法官，最后是省法衙门。

三审定验，可以请讼师。

《户律》增设“通邮”条例，户部在各地设立驿站，成立通邮司，鼓励民间投递信件或者传递报纸，加强信息传递，但有损坏信件者，以偷盗重罪论处。

同时对“盐法”“户役”“商税”“外贸”“藩属”“诏狱”等已经落后时代，不合时宜的地方，进行条例增修。

其实在朱慈烺看来，大明律的本文其实已经需要大改了，但明太祖朱元璋严禁嗣君“变乱成法”，这个祖制的大帽子，依然不是轻易就可以掀翻的。没办法，他只能遵照弘治、嘉靖、万历年间的旧例，缝缝补补，先对大明律进行条例增订，待以后时间成熟了，再对《大明律》大改。

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新设司法官，等于全国一下子又多出了很多的官缺，而且还要设立专门的司法衙门，朝廷一下又多支出很多，群臣有议论，但隆武帝却以为，这是朝廷的必要支出，比起百姓可能遭受到的冤屈，朝廷一年多花百万两的银子，又算什么呢？

“司法官独立判案，独立负责。”

“班头衙役仵作，以及侦缉事务，依然归行政衙门，司法官只负责断案。”

“在地官员，任何人都不得干预司法，干预法官断案，即便你是一省之刑名，也不能干预县法官的裁决，违者，轻则革职，重责下狱！”

“司法官员，需的精通司法，但是上任，需的经过司法考试，上任前，面对大明律宣读誓言。”

“司法官员罔判、渎职，收受贿赂者，以知法犯法，三倍论罪！”